Category: 乱七八糟

时间过得真快。明天又要去上海。。。一年去四次上海是什么感觉。。。

着陆地点：宇宙银河太阳系地球行星美利坚合众国内布拉斯加州林肯市。

着陆时间：公元二零零九年三月十八日二十二时三十四分。

从来就没有神仙和皇帝。

Radisson酒店

零 简介

      GROMACS全名为GROningen MAchine for Chemical Simulations，是一款由荷兰Groningen大学开发的分子动力学模拟软件包，现在则主要由Uppsala大学, 斯德哥尔摩大学 以及马普学会聚合物研究所共同维护。
      由于针对不同的系统其代码进行了高度优化，GROMACS是目前最快的分子动力学模拟软件. 此外，由于支持不同的分子力场以及按照GPL协议发行，GROMACS拥有很高的可定制性。在著名的分布式计算项目Folding＠Home中，就采用了一个经过特殊许可的非GPL版本的GROMACS作为客户端。

一 下载安装

      （一）非并行版本
      系统要求：ANSI C编译器，可能需要Fortran编译器。
      1. 为了进行傅立叶变换，首先下载安装FFTW：
          （1）到http://www.fftw.org/下载最新版本的FFTW源代码，目前最新版本为FFTW 3.2.1，下载地址为http://www.fftw.org/fftw-3.2.1.tar.gz
          （2）执行以下命令解压缩并进行编译安装：
                   $ mkdir -p $HOME/gromacs
                   $ mkdir -p $HOME/gromacs/fftw-3.2.1
                   $ gunzip fftw-*.tar.gz
                   $ tar -xf fftw-*.tar
                   $ cd fftw-*
                   $ ./configure –enable-float –enable-threads –prefix=$HOME/gromacs/fftw-3.2.1
           如果您的CPU支持SSE指令集，请添加–enable-sse选项
                   $ make
                   $ make install
          （3）到http://www.gromacs.org/下载最新版本的GROMACS源代码，目前最新版本为GROMACS 4.0.3，下载地址为ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.0.3.tar.gz
          （4）执行以下命令解压缩进行编译安装：
                   $ mkdir -p $HOME/gromacs/gromacs-4.0.3
                   $ gunzip gromacs-*.tar.gz
                   $ tar -xf gromacs-*.tar
                   $ cd gromacs -*
                   $ export CPPFLAGS=-I$HOME/gromacs/fftw-3.2.1/include
                   $ export LDLAGS=-L$HOME/gromacs/fftw-3.2.1/lib
                   $ ./configure –prefix=$HOME/gromacs/gromacs-4.0.3 –with-fft=fftw3
                   $ make
                   $ make install

      （二）并行版本
       ******等待完成******

      最后，为了方便起见，将GROMACS可执行文件所在位置加入$PATH变量中。

参考文献：

http://www.gromacs.org/content/view/19/32/
http://en.wikipedia.org/wiki/Gromacs